O Museu de Zoologia da UEFS (MZFS) está instalado em prédio próprio e conta com estrutura completa para pesquisa, ensino e extensão, incluindo salas para coleções, setor administrativo, reserva técnica, salão de exposições e auditório. Reconhecido pelo CGen/MMA como fiel depositário, abriga todas as coleções zoológicas da UEFS, com 950 m² dedicados às coleções científicas — 80% informatizadas e parcialmente acessíveis online. O acervo é essencial para o estudo da biodiversidade regional e atividades de divulgação científica, envolvendo a comunidade com apoio de equipe especializada.

As coleções estão organizadas em divisões temáticas: 

• Divisão de Etnozoologia: acervo bibliográfico e cultural com livros, vídeos, selos, moedas e artefatos relacionados à fauna.
• Divisão de Entomologia: mais de 160.000 exemplares, armazenados em ambiente climatizado.
• Divisão de Peixes: cerca de 13.900 lotes (70.000 exemplares), com dados na plataforma SpeciesLink.
• Divisão de Anfíbios e Répteis: 7.411 espécimes e 1.177 registros sonoros, com infraestrutura para triagem e análise molecular. Curadoria da Dra. Flora A. Juncá.
• Divisão de Mamíferos: aproximadamente 1.200 espécimes e 1.100 fósseis, com destaque para espécies da Mata Atlântica e Caatinga.
• Divisão de Aves: 1.609 espécimes, formando a 10ª maior coleção ornitológica do Brasil, com material de 10 estados.

O MZFS é um polo de referência em biodiversidade, educação e ciência na região.